Zehn Jahre sind seit „X-Men – Zukunft ist Vergangenheit“ vergangen und wir schreiben nun das Jahr 1983: Die Welt ist anders und Mutanten werden nun in der Gesellschaft größtenteils akzeptiert. Doch in dieser Zeit des Friedens und der Ruhe kehrt ein uralter Mutant zurück auf die Bildfläche: Apocalypse . Einst als Gott im alten Ägypten verehrt, gilt er als mächtigster und ältester Mutant auf der Erde. Er vereint die Kräfte vieler Mutanten und ist quasi nicht nur unbesiegbar, sondern auch noch unsterblich. Der Wandel der Welt gefällt ihm nicht und daher will er die Welt neu ordnen. Dazu bringt er die Mutanten Magneto, Psylocke, Storm und Angel unter seine Kontrolle – ihnen gegenüber Prof X. und Raven…